Lãnh đạo Bộ Tài chính giao nhiệm vụ cho Thanh tra bộ chủ trì phối hợp với các đơn vị liên quan thu thập, phân tích báo cáo tài chính, hồ sơ kê khai thuế, tờ khai nhập khẩu xăng dầu của các doanh nghiệp kinh doanh xăng dầu đầu mối. Việc báo cáo kế hoạch thanh tra, kiểm tra các doanh nghiệp kinh doanh xăng dầu đầu mối lớn phải trình lên Bộ trước ngày 30/4/2016.

Dự kiến, thanh tra Bộ Tài chính sẽ trực tiếp thanh tra đối với 2-3 doanh nghiệp; tổng cục Thuế thanh tra 3 doanh nghiệp và Cục thuế TP Hà Nội và Cục Thuế TP.HCM thanh ra 10 doanh nghiệp. Việc thanh tra phải hoàn thành trước ngày 31/8/2016.

Trước đó, tại cuộc họp báo công bố tình hình tài chính ngân sách quý I, Thứ trưởng Bộ Tài chính Vũ Thị Mai cho biết không phải tới khi lỗ hổng thuế xăng dầu được phát hiện ra thì Bộ Tài chính mới tiến hành thanh tra, kiểm tra các DN kinh doanh xăng dầu, mà đây là công tác thường niên của Bộ.

Liên quan đến việc chênh lệch thuế xăng dầu khiến doanh nghiệp được hưởng lợi hàng ngàn tỷ, theo thống kê của Bộ Tài chính, năm 2015 thuế xăng dầu nhập khẩu đã thu là 35 nghìn tỉ đồng, đã hoàn thuế cho 23 doanh nghiệp thương nhân đầu mối với con số chính xác là 3.475 tỉ đồng.

Trừ đi số thuế GTGT doanh nghiệp phải nộp thì thực chất tiền hoàn thuế cho các doanh nghiệp đầu mối xăng dầu là 3.120 tỉ đồng.

Trong số này, có 2.790 tỉ đồng là của 11 doanh nghiệp nhà nước, chiếm 88% thị phần tiêu thụ cả nước. Còn 325 tỉ đồng là của các doanh nghiệp đầu mối xăng dầu tư nhân, chiếm 12% thị phần.

Trong tổng số 3.120 tỉ đồng này, với mức thuế thu nhập DN 22% các DN đã nộp vào ngân sách là 668 tỉ đồng.

Như vậy, số tiền các DN giữ là 2.452 tỉ đồng. Trong đó, chủ yếu là của DN xăng dầu Nhà nước với 2.179 tỉ. Còn 12 DN tư nhân còn lại đang giữ khoảng 254 tỉ đồng.

T.L