Bảo tàng trưng bày hơn 5.000 tư liệu, chia thành nhiều chủ đề như: nghiên cứu của thế giới về trầm hương, bản đồ phân bố trầm hương, trầm hương với tín ngưỡng, những sản phẩm của trầm hương... Nổi bật trong bảo tàng là những khối trầm hương lớn đặt tại sảnh chính, có tuổi đời cả trăm năm.

Hai khối trầm hương tự nhiên được đặt trang trí cạnh tượng Đức thánh Trần Hưng Đạo. Trầm hương được chia thành nhiều loại như kỳ, trầm, tốc. Trong đó kỳ nam là loại trầm có phẩm chất cao và quý hiếm nhất. Dựa theo tính chất, sắc vị thì kỳ nam lại chia thành nhiều loại nhỏ. Các khối kỳ nam trong bảo tàng đều có kích thước lớn, được bảo quản kỹ càng trong tủ kính.

Trong bảo tàng treo nhiều hình ảnh về cây dó bầu, sự hình thành trầm hương. Các khu vực khác giới thiệu tác dụng của trầm hương trong sức khỏe, phong thủy, tâm linh, tín ngưỡng... Theo bản đồ phân bố, tỉnh Khánh Hòa là khu vực có chất lượng trầm hương vào loại tốt trên thế giới.